Diecezja pelplińska historycznie nawiązuje do diecezji chełmińskiej którą utworzono 29 lipca 1243 roku. Przez prawie 580 lat stolicą diecezji była Chełmża. 16 lipca 1821 roku papież Pius VII bullą „De salute animarum” powiększył diecezję chełmińską i przeniósł jej stolicę z Chełmży do Pelplina. Już wcześniej biskupi rezydowali w Pelplinie, a w roku 1829 przeniesiono tu seminarium duchowne. Kolejnej przebudowy struktur diecezji dokonał 28 października 1925 roku bullą „Vixdum Poloniae unitas” papież Pius XI wytyczając nowe granice diecezji.
W okresie od 7 do 9 lipca 1959 roku w Pelplinie odbył się Synod Diecezji Chełmińskiej, natomiast 22 kwietnia 1960 roku erygowana została przez papieża Jan XXIII kapituła kolegiacka w Chełmnie. Od 23 października 1960 roku w diecezji odbywała się peregrynacja kopii obrazu Matki Boskiej Częstochowskiej, która trwała do 29 października 1961 roku. Po zakończeniu peregrynacji obraz Matki Boskiej Częstochowskiej przekazano w Chojnicach diecezji gorzowskiej. 1 listopada 1964 roku papież Paweł VI erygował kapitułę kolegiacką kamieńską.
Nasza diecezja została ustanowiona w wyniku nowego administracyjnego podziału terytorialnego Kościoła w Polsce w dniu 25 marca 1992 roku przez papieża Jana Pawła II bullą „Totus Tuus Poloniae Populus”. Powstała z części dotychczasowej diecezji chełmińskiej oraz dekanatów archidiecezji gnieźnieńskiej i diecezji koszalińsko-kołobrzeskiej. Jest częścią Metropolii Gdańskiej.
W wyniku reorganizacji większość byłej diecezji (chełmińskiej) pozostała w diecezji pelplińskiej, a część włączono do diecezji toruńskiej (w której znalazła się między innymi była stolica diecezji – Chełmża). Pierwszym biskupem pelplińskim mianowany został dotychczasowy biskup pomocniczy chełmiński Jan Bernard Szlaga, a biskupem pomocniczym przeniesiony z diecezji koszalińsko-kołobrzeskiej biskup Piotr Krupa.
20 października 1992 roku erygowana została kapituła kolegiacka w Kartuzach, a 5 grudnia tego roku rozpoczęła się I sesja Diecezjalnego Synodu Plenarnego w Pelplinie. 11 marca 1993 roku papież Jan Paweł II nadał kościołowi pw. Ścięcia św. Jana Chrzciciela w Chojnicach tytuł bazyliki mniejszej.
Historycznym wydarzeniem w dziejach diecezji była wizyta papieża Jana Pawła II w Pelplinie, która miała miejsce 6 czerwca 1999 roku. Dokładnie rok później, 6 czerwca 2000 roku zakończony został uroczyście I Synod Diecezjalny, a 18 października tego samego roku bp Jan Bernard Szlaga erygował kapitułę kolegiacką w Koronowie. 5 marca 2011 roku koronowska kolegiata pw. Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny została ogłoszona przez papieża Benedykta XVI bazyliką mniejszą.
15 września 2011 roku papież Benedykt XVI przyjął rezygnację biskupa Piotra Krupy z urzędu biskupa pomocniczego w związku z osiągnięciem przez niego wieku emerytalnego. 24 marca 2012 roku mianował ks. Wiesława Śmigla biskupem pomocniczym diecezji. Sakrę biskupią ks. Wiesław Śmigiel przyjął w katedrze pelplińskiej 21 kwietnia 2012 roku. Głównym konsekratorem był abp Sławoj Leszek Głódź, a współkonsekratorami abp Henryk Muszyński i bp Andrzej Suski. W konsekracji z powodu stanu zdrowia nie uczestniczył biskup pelpliński Jan Bernard Szlaga, który kilka dni później, 25 kwietnia 2012 roku zmarł w szpitalu w Starogardzie Gdańskim. Na czas sedewakancji administratorem diecezji został bp. Wiesław Śmigiel. 27 października 2012 roku Benedykt XVI mianował nowego biskupa diecezjalnego. Został nim dotychczasowy biskup pomocniczy archidiecezji gdańskiej Ryszard Kasyna. Nowy biskup kanonicznie objął diecezję 1 grudnia 2012 roku, a tydzień później 8 grudnia 2012 roku odbył uroczysty ingres do katedry pelplińskiej.
Bazyliką katedralną jest kościół Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny w Pelplinie.
Biskupi diecezji pelplińskiej
Pierwszym Biskupem Pelplińskim został ustanowiony J.E. ks. prof. dr hab. Jan Bernard Szlaga.
Biskupem Pomocniczym był J.E. ks. dr Piotr Krupa.
Drugim i obecnym Biskupem diecezji pelplińskiej od dnia 1 grudnia 2012 roku jest J.E. ks. biskup dr Ryszard Kasyna.
Biskupem pomocniczym diecezji pelplińskiej (wikariuszem generalnym) od dnia 24 marca 2012 roku jest J.E. ks. biskup dr Arkadiusz Okroj
Biskupem seniorem (Biskupem tytularny Acqua Alba w Bizacena) diecezji pelplińskiej jest J.E. ks. biskup Piotr Krupa.
